在控制日本未来的帝国议会上，政要们讨论旨在猎杀SPEC持有者的“简单计划”，神秘的法蒂玛第三预言也被提及。几天后，秘密执行狩猎计划的政府成员突然变成木乃伊，死在游艇上。案件交由不知名的当麻纱绫（户田惠里香饰）和濑文粉柳（加濑亮饰）处理。在调查途中，两人接到志村美玲（福田沙季饰）的求救电话。当他们赶去救援时，在没有预约的情况下，遇到了濑户的前同事、前恋人青木理子（栗山千秋饰）。当麻将美玲带回不明部门时，已经死去的阳太11（神木隆之介饰）平静地出现在他们面前。试图压制敌人左手准备进攻或捣乱的不良图谋时，马无力看到美玲慌忙留下“必须阻止法蒂玛第三次预言”的信息被杨泰带走。在杨泰的恶意煽动下，普通人类与SPEC持有者之间的矛盾日益激化。夹在两者之间的当麻对法蒂玛的第三个预言和人类未来的走向充满了困惑。圣母玛利亚、白衣教皇、左手执火之剑的天使预言中的关键人物语焉不详。黑暗的未来会不可避免吗？